Eine erste Orgel befand sich bereits 1621 in St. Ulrich.
Von der Barockorgel des Christoph Leo, die in den Jahren 1721 (Hauptwerk und Pedalwerk) und 1732 (Rückpositiv) mit insgesamt 24 Registern entstand, sind der Prospekt und einige hundert Pfeifen erhalten, letztere allerdings mehrfach umgearbeitet.
Ob der Umbau durch den berühmten Instrumentenbauer Johann Andreas Stein 1769 auch eine Veränderung der Disposition brachte, ist nicht bekannt.
1888 baute die Öttinger Firma Steinmeyer als Op. 360 eine zweimanualige Kegelladen-Orgel mit 22 Reistern, von denen 10 aus der Leo/Stein-Orgel stammten. 1927 erfolgte ein weiterer Neubau durch G. F. Steinmeyer: Eine dreimanualig Taschenladen-Orgel mit 38 Registern (Op. 1458). Welche Register aus der Vorgänger-Orgel übernommen wurden, ist nicht genau untersucht. Das Rückpositiv blieb leer.
1961 baute Max Offner jun. (Augsburg) in das leere Rückpositiv 6 Register ein, von denen eines aus der Steinmeyer-Orgel übernommen wurde.
Nachdem sich in den Folgejahren die Reparaturen beträchtlich häuften, entschloß sich der Kirchenvorstand nach eingehender Analyse und Beratung durch den Münchner Musikwissenschaftler und Organologen Dr. Jürgen Eppelsheim zu einem mutigen und großzügigen Neubau: Eine dreimanualige Schleifladen-Orgel mit 48 klingenden Registern (3362 Pfeifen), wobei der barocke Prospekt und 23 Register aus den Vorgängerorgeln erhalten bleiben sollten. Mit der anspruchsvollen Aufgabe wurde die Fa. Klais (Bonn), eine der angesehensten Orgelbaufirmen Europas, betraut. Das Projekt wurde auf drei Bauabschnitte verteilt. 1987 konnte das Instrument feierlich eingeweiht werden.
Im Zuge der Sanierung und Restaurierung der Ulrichskriche mußte die Orgel teilweise ausgebaut werden. Zum Wiedereinbau 2007 erhielt die Orgel eine moderne "Setzer-Anlage" (Registerspeicher), eine Verstärkung des Pedalwerkes wid vorbereitet.